Die Freie Universität Berlin hat die Zusammenarbeit mit israelischen Hochschulen und die Vermittlung und Erforschung von Themen jüdischer Geschichte und Gegenwart bereits in den 1950er Jahren als eine wichtige Aufgabe verstanden. Die Zusammenarbeit in Forschung und Lehre umfasste von Anfang an alle Fachgebiete, unter anderem auch die Medizinerausbildung. 

Kurz nach ihrer Gründung 1948 bemühte sich die Freie Universität, jüdische Emigranten als Gastprofessoren für die Hochschule zu gewinnen, beispielsweise den in New York lebenden Germanisten Adolf Leschnitzer. In der Gründungsphase wirkten auch weitere nach Deutschland zurückgekehrte Emigranten an der Freien Universität Berlin – wie Ernst Fraenkel, Professor für Politologie, oder Ernst Hirsch, Professor für Rechtswissenschaft und zeitweise Rektor und Prorektor der Hochschule. 

Im Jahr 1963 wurde an der Freien Universität das erste Institut für Judaistik in Deutschland gegründet. Die Gründung war Teil der Berufungszusagen für Jacob Taubes, später erster Leiter der Einrichtung. 

Die Idee, die wissenschaftlichen Kontakte zur Hebrew University of Jerusalem durch einen institutionellen Rahmen zu festigen, existiert bereits seit 1957, wie ein Brief im Universitätsarchiv belegt. Zu einem offiziellen Partnerschaftsabkommen kam es 1986. Inzwischen kooperieren die beiden Hochschulen im Rahmen einer strategischen Partnerschaft, die unter vielem anderen zahlreiche gemeinsame Forschungsprojekte in den Natur-, Geistes- und Sozialwissenschaften sowie den Studierendenaustausch umfasst.