Andreas Hüneke, geboren 1944 im sächsischen Wurzen, verbrachte seine Kindheit und Jugend in der sowjetischen Besatzungszone und späteren DDR. Das Recht auf Bildung und freie Berufswahl wurde ihm verwehrt: Nach der 8. Klasse wurde er vom weiteren Schulunterricht ausgeschlossen. Obwohl sein Hauptinteresse der Kunst galt, war er gezwungen, auf andere Fachrichtungen auszuweichen. So besuchte er zunächst ein kirchliches Seminar, arbeitete dann als Theatermaler und Beifahrer und absolvierte nebenbei eine Ausbildung zum Plakatmaler und die Abendschule bis zum Abitur. Von 1965 an studierte er schließlich Theologie an der damaligen Martin-Luther-Universität in Halle. Es war das einzige Fach, das ihm als Wehrdienstverweigerer offen stand. Er besuchte an der Universität auch kunsthistorische Veranstaltungen und erwarb damit Wissen, das ihm später eine Anstellung an der Staatlichen Galerie Moritzburg in Halle an der Saale einbrachte. Hüneke wurde über Jahrzehnte und bis zur deutschen Vereinigung durch den Staatssicherheitsdienst der DDR schikaniert und in seiner beruflichen Entfaltung eingeschränkt. 

Schon in den 1970er Jahren befasste sich Andreas Hüneke mit dem Thema „Entartete Kunst“. Der Begriff bezeichnet die Verfemung und Zerstörung von mehr als 20.000 Werken der Klassischen Moderne durch die Nationalsozialisten. Die Objekte wurden in 101 Museen konfisziert, teilweise gegen Devisen ins Ausland verkauft, teilweise vernichtet. Hüneke ist zudem ein ausgewiesener Experte für die Kunst des Expressionismus. Ungeachtet seiner Veröffentlichungen und seines Wirkens war es ihm in der DDR versagt, zu promovieren und sich zu habilitieren. Seit 2003 lehrt und forscht er in der Forschungsstelle „Entartete Kunst“ der Freien Universität Berlin. Im Jahr 2012 erhielt er die Ehrendoktorwürde der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg.

Hüneke veröffentlichte zahlreiche Bücher, Aufsätze und Kataloge und konzipierte eine große Anzahl von Ausstellungen.