Margherita von Brentano di Tremezzo kam am 9. September 1922 als Tochter einer berühmten Familie hoher Staatsbeamter und Literaten zur Welt.

Sie entschied sich für eine akademische Karriere und promovierte 1948 bei Martin Heidegger, der sie 1956 an die Freie Universität empfahl. Dort arbeitete sie als Assistentin des Philosophen Wilhelm Weischedels und habilitierte sich 1971. Im folgenden Jahr erhielt sie ihre eigene Professur am Philosophischen Institut der Freien Universität Berlin, zu dessen Reorganisation sie einen entscheidenden Beitrag leistete. Bereits 1970 war sie als erste Frau in das Amt der Vizepräsidentin an der FU gewählt worden. Von diesem Amt trat sie zwei Jahre später zurück – sie setzte so ein Zeichen gegen die politisch motivierte Weigerung des Berliner Senats, den Trotzkisten Ernst Mandel an die Freie Universität zu berufen.

Als Feministin und kritische Intellektuelle machte Margherita von Brentano die Überwindung der beruflichen Diskriminierung von Frauen, vor allem ihr rigider Ausschluss aus den höheren Hierarchieebenen an Universitäten und Forschungsinstituten zum Anliegen ihres Wirkens an der Freien Universität. Margherita von Brentano schrieb, es sei erschreckend, „dass Wissenschaft als Beruf die Menschen, die sie betreiben, um nichts widerstandsfähiger, um nichts kritischer und gefeiter macht gegen Vorurteile, gegen blinden Gruppen- und Geschlechtsegoismus“. In ihrem Engagement wandte sie sich explizit gegen das mangelnde Gespür von Wissenschaftlerinnen gegenüber geschlechtsspezifischen Diskriminierungen, denen sie selbst ausgesetzt sind. So kommentierte sie auf den Universitätstagen 1963 die Stellung von Frauen in der Wissenschaft wie folgt: „Die Erbinnen und Enkelinnen der Emanzipation fühlen sich nicht mehr betroffen, halten sich nicht mehr betroffen, halten sie für veraltet.“ Aber, hielt sie mit den Worten Adornos entgegen: „Veraltet ist stets nur, was misslang.“

In ihren letzten Jahren zog sie sich aus gesundheitlichen Gründen weitgehend aus der Öffentlichkeit zurück. Dennoch setzte sie sich bis zu ihrem Tod für die Errichtung eines Berliner Mahnmals zum Gedenken an den Holocaust ein.

Margherita von Brentano starb im Alter von 72 Jahren am 21. März 1995 in Berlin.