Die Freie Universität Berlin wurde am 4. Dezember 1948 von Studierenden und Wissenschaftler*innen mit ideeller und finanzieller Unterstützung der USA gegründet. Sie stand als Alternative zu der im Sowjetischen Sektor des geteilten Berlins gelegenen Universität Unter den Linden, der heutigen Humboldt-Universität. Diese geriet damals immer stärker unter den Einfluss der Sozialistischen Einheitspartei Deutschlands (SED). So kam es zur Verfolgung systemkritischer Studierender. Der Gründungsgedanke der Freien Universität ist daher als Selbstverpflichtung auf Werte wie Freiheit und Unabhängigkeit von Forschung und Lehre zu verstehen.

In der Folgezeit etablierte sich die Freie Universität rasch mit ursprünglich drei, dann sechs Fakultäten und zahlreichen Studiengängen in der westdeutschen und internationalen Hochschullandschaft. Aufgrund ihrer Organisationsform nahm die FU in den ersten Jahrzehnten eine gewisse Sonderstellung ein: Das sogenannte Berliner Modell räumte den Studierenden umfangreiche Mitwirkungsrechte bezüglich der akademischen Selbstverwaltung und Mitsprache in den Hochschulgremien ein und gewährleistete mit Schaffung des Kuratoriums als höchstes Leitungsgremium eine größere Unabhängigkeit und Staatsferne im Vergleich zu den übrigen Hochschulen der alten Bundesrepublik und Westberlins.

Die in der Gründungszeit entstandene "Gemeinschaft der Lehrenden und Lernenden" an der Freien Universität geriet mit den Studentenunruhen Ende der Sechziger Jahre in eine tiefe Krise, die vor allem durch die Forderungen nach Demokratisierung von Staat und Gesellschaft, durch die Debatte um Mitverantwortung der Elterngeneration an den Verbrechen der Nazizeit und durch den Vietnamkrieg der USA ausgelöst wurde. An den Hochschulen stand vor allem die Ordinarienuniversität, zu der sich auch die Freie Universität im Laufe des letzten Jahrzehnts entwickelt hatte, im Kreuzfeuer der studentischen Kritik. Die Freie Universität gehörte zu den Zentren der Studierendenbewegung in Deutschland und brachte mit dem Studenten Rudi Dutschke eine der bedeutendsten politischen Führungsfiguren hervor. Gleichzeitig war die Freie Universität im Zuge der Studierendenrevolte von Besetzungen der Institutsgebäude, von Störungen des Lehrbetriebs und Polizeieinsätze betroffen, welche die Arbeitsfähigkeit der Hochschule teilweise beeinträchtigten und die Universität in den Augen der Öffentlichkeit zum Unruheherd machten. Den vorläufigen Schlusspunkt dieser Entwicklung bildete das neue Berliner Universitätsgesetz vom 1. August 1969, mit dem die Ordinarienuniversität durch eine stärker demokratisch geprägte Verwaltungsreform mit paritätisch besetzten Universitätsgremien und einer*einem gewählten Präsident*in ersetzt wurde.

Zeitgleich mit dem gesellschaftlichen Reformprozess, welcher auch eine Öffnung der Hochschulen für bildungsferne Schichten zur Folge hatte, entwickelte sich die Freie Universität Berlin allmählich zur Massenuniversität. Befanden sich im Sommersemester 1969 noch 14.787 Student*innen an der Universität, so waren es zehn Jahre später bereits 36.879. Der Höchststand wurde im Sommersemester 1992 mit 60.467 Studierenden erreicht. Strukturreformen sollten die Probleme der Massenuniversität lösen, wurden aber wiederum kritisiert und riefen ab Ende der 1980er Jahre wiederholt Proteste hervor.

Heute zählt die FU mit über 100 Studiengängen an 11 Fachbereichen als Internationale Netzwerkuniversität zu den neun deutschen Hochschulen, die seit 2007 in der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder in allen drei Förderlinien erfolgreich abgeschnitten haben und deren Exzellenz-Zukunftskonzepte gefördert werden.