Die Freie Universität Berlin war Sprecheruniversität folgender Sonderforschungsbereiche:

• SFB 6: Struktur und Dynamik von Grenzflächen (1981-1992)

• SFB 10: Sowjetunion (1971 - 1977)

• SFB 29: Embryonale Entwicklung und Differenzierung (Embryonalpharmakologie) (1968 - 1984)

• SFB 39: Meteorologie (1968 - 1976)

• SFB 139: Die künstliche Unterstützung und der Ersatz des Herzens  (1981 - 1982)

• SFB 161: Hyperfeinwechselwirkungen  (1973 - 1986)

• SFB 174: Risikoabschätzung von vorgeburtlichen Schädigungen (1985 - ?)

• SFB 267: Deformationsprozesse in den Anden (1993 - 2004)

• SFB 290: Metallisch dünne Filme: Struktur, Magnetismus und elektronische Eigenschaften (1993 - 2004)

• SFB 312: Gerichtete Membranprozesse (1985 -1999)

• SFB 337: Energie- und Ladungstransfer in molekularen Aggregaten (1987 - 2001)

• SFB 344: Regulationsstrukturen von Nukleinsäuren und Proteinen (1990 - 1999)

• SFB 366: Zelluläre Signalerkennung und -umsetzung (1994 - 2005)

• SFB 421: Protektive und pathologische Folgen der Antigenverarbeitung (gemeinsam mit HU und Charité Berlin) (1999 - 2008)

• SFB 447: Kulturen des Performativen - Performative Turns: Mittelalter, Frühe Neuzeit, Moderne (1999 - 2010)

• SFB 449: Struktur und Funktion membranständiger Rezeptoren (1999 - 2010)

• SFB 450: Analyse und Steuerung ultraschneller photoinduzierter Reaktionen (1998 - 2010)

• SFB 498: Protein-Kofaktor-Wechselwirkungen in biologischen Prozessen (2000 - 2009)

• SFB 515: Mechanismen entwicklungs- und erfahrungsabhängiger Plastizität des Nervensystems (1996 - 2005)

• SFB 626: Ästhetische Erfahrung im Zeichen der Entgrenzung der Künste (2003 - 2014)

• SFB 650: Zelluläre Ansätze zur Suppression unerwünschter Immunreaktionen (2005 - 2016)

• SFB 658: Elementarprozesse in molekularen Schaltern an Oberflächen (2005 - 2017)

• SFB 700: Governance in Räumen begrenzter Staatlichkeit: Neue Formen des Regierens? (2006 - 2017)

• SFB 765: Multivalenz als chemisches Organisations- und Wirkprinzip: Neue Architekturen, Funktionen und Anwendungen (2008 - 2019)

• SFB 852: Ernährung, intestinale Mikrobiota und Wirtsinteraktionen beim Schwein (2010 - 2013)

• SFB 958: Einrüstung von Membranen: Molekulare Mechanismen und zelluläre Funktionen (2011 - 2023)

• SFB 973: Organismische Reaktionen auf Stress: Prägung und Erinnerung ( 2012 - 2020)

• SFB 980: Episteme in Bewegung - Wissenstransfer von der Alten Welt bis in die Frühe Neuzeit (2012 - 2024)

• SFB 1078: Proteinfunktion durch Protonierungsdynamik (2013 - 2024)

• SFB 1112: Nanocarrier: Architektur, Transport und zielgerichtete Applikation von Wirkstoffen für therapeutische Anwendungen (2013 - 2017)

• SFB Transregio 43: Gehirn als Ziel von entzündlichen Prozessen (2008 - 2016)

• SFB Transregio 170: Late Accretion onto Terrestrial Planets (2016 - 2024)