Prof. Dr. med. Horst Paeprer war von 1958 bis 1992 im FU-Klinikum Westend tätig. Habilitiert hat er sich 1972. Lange war er leitender Oberarzt und stellvertretender Chefarzt der Inneren/Kardiologischen Abteilung im Westend, zuletzt dort nach dem Ausscheiden von Prof. Dr. med. Schmutzler kommissarischer Chefarzt. Nach der Aufgabe des FU-Klinikums am Standort Westend wechselte Prof. Dr. med. Horst Paeprer von 1992 bis zu seiner Erimitierung im Jahre 1998 an die Charité - Universitätsmedizin Berlin, Standort Virchow-Klinikum.

Er verstarb am 29. Juni 2024 im Alter von 91 Jahren.