So lag für die Berliner Universitäten der Anstieg der Gesamtkosten in der Lehre je Studienplatz zwischen 2000 und 2004 bei nur 1,4 Prozent. Im Durchschnitt der AKL-Universitäten ist ein Anstieg von 13,4 Prozent festzustellen. Bei einem Vergleich der Absolventen als Bezugsgröße, fallen die Kostenkennzahlen in Berlin deutlich niedriger aus als im Durchschnitt der AKL-Universitäten. Während zwischen 2000 und 2004 die Gesamtkosten in der Lehre je Absolvent in Berlin von 31.500 Euro auf 28.600 Euro um 9,4 Prozent zurückgingen, stiegen sie im selben Zeitraum für alle AKL-Universitäten im Durchschnitt um 13,4 Prozent von 28.700 Euro auf 32.900 Euro.

Nicht nur in der Lehre, sondern auch bei der Forschung weisen die Berliner Universitäten eine höhere Effizienz im Mitteleinsatz auf. Bei ihnen ist der Anteil der Drittmittel an allen Forschungskosten mit 32,0 Prozent (2000: 28,8 Prozent) höher als im Durchschnitt der AKL-Universitäten. Somit weisen die Berliner Universitäten auch eine höhere Steigerungsrate des Drittmittelanteils im Betrachtungszeitraum auf. Dieser vergrößerte sich im Durchschnitt nur leicht von 29,4 Prozent (2000) auf 30,7 Prozent (2004).

Die Vergrößerung des Leistungsabstandes zwischen den Berliner Universitäten und den Vergleichshochschulen spiegelt sich auch im Bereich der Nachwuchsförderung wider. Im Untersuchungszeitraum zwischen 2000 und 2004 stieg die Zahl der Promotionen je Professor in den Berliner Universitäten um 20,9 Prozent, während sie im Durchschnitt der AKL-Universitäten um 0,6 Prozentpunkte zurückging.

Prof. Dr. Kurt Kutzler, Präsident der Technischen Universität Berlin:
„Die Untersuchung belegt, dass die Berliner Universitäten bei der Wahrnehmung ihrer Kernaufgaben in Forschung, Lehre und Nachwuchsförderung nicht nur leistungsstärker, sondern auch effizienter sind als die Vergleichsgruppe. Sie weisen durchgängig sowohl die besseren Leistungskennzahlen als auch deutlichere Leistungssteigerungen auf.“

Prof. Dr. Christoph Markschies, Präsident der Humboldt-Universität zu Berlin:
„Es ist den Berliner Universitäten gelungen, den Leistungsvorsprung, der sich bereits im Jahr 2000 auf hohem Niveau bewegte, kontinuierlich auszubauen und gleichzeitig die Wirtschaftlichkeit zu verbessern.“

Prof. Dr. Dieter Lenzen, Präsident der Freien Universität Berlin:
„In der Gruppe der am AKL-Vergleich beteiligten Bundesländer und Universitäten gibt es derzeit keine Region, deren Leistungsstärke derjenigen Berlins entspricht. Die Ergebnisse sind ein Beleg für das hohe wissenschaftliche Niveau der Berliner Universitäten als auch die Wirksamkeit der Steuerungsmechanismen sowie der Professionalität des Managements in den Berliner Universitäten. Der freundschaftlich-kollegiale Wettbewerb hat uns alle stark gemacht.“

Bereits seit 2000 beteiligen sich die Freie Universität Berlin, die Humboldt-Universität zu Berlin und die Technische Universität Berlin alljährlich an einem regionalen Ausstattungs-, Kosten- und Leistungsvergleich. Die Ergebnisse dieses regionalen AKL-Vergleichs fließen sowohl in die jährlich zu erstellenden Leistungsberichte für das Land Berlin als auch in einen überregionalen AKL-Vergleich ein, der in einem zweijährigen Turnus unter der Federführung der HIS GmbH durchgeführt wird. Der HIS-AKL-Vergleich bezieht sich auf ein heterogenes Hochschulfeld. Erhoben werden Kennzahlen von Hochschulen aus den norddeutschen Ländern.