Sutapa Chakrabarti erlangte im Jahr 2001 einen Master of Science am Indian Institute of Technology (IIT) Bombay; sie promovierte im Jahr 2007 an der University of California San Diego, USA. Von 2007 bis 2014 arbeitete sie als Postdoktorandin am Max-Planck-Institut für Biochemie in Martinsried bei München. Im Jahr 2014 wechselte sie als Junior-Professorin an das Institut für Biochemie der Freien Universität Berlin.

Das Labor von Sutapa Chakrabarti erforscht die molekularen Mechanismen der Abbauwege eukaryotischer messenger RNA mithilfe biochemischer und strukturbiologischer Methoden. Ein besonderer Forschungsschwerpunkt ist die Aufklärung der Zusammensetzung der messenger Ribonukleoproteine (mRNPs), Aufbau und Zerfall dieser während posttranskriptioneller Genregulation sowie die Rolle einer bestimmten Klasse molekularer Motoren, der RNA-Helikasen, in diesen Prozessen.

Seit 2016 wird von der Deutschen Forschungsgemeinschaft bereits Sutapa Chakrabartis Projekt „Untersuchung der molekularen Mechanismen und des Zusammenhanges von TTP-vermitteltem mRNA-Abbau und Translationsunterdrückung mittels strukturellen und biochemischen Methoden“ im Rahmen eines DFG-Schwerpunktprogramms gefördert.