Neben der Freien Universität sind das die Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen, die Humboldt-Universität zu Berlin, die Universität Bremen, die Technische Universität Dresden, die Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg, die Universität zu Köln, die Universität Konstanz, die Ludwig-Maximilians-Universität München, die Technische Universität München und die Eberhard-Karls-Universität Tübingen.

Für die Auszeichnung als „Exzellenzuniversität“ mussten die Hochschulen in drei Kategorien überzeugen. In der ersten Förderlinie wurden Graduiertenschulen zur Ausbildung von Doktoranden prämiiert, in der zweiten fächerübergreifende Forschungsverbünde, sogenannte Cluster. Nur Hochschulen, die in den ersten beiden Kategorien erfolgreich waren, konnten in der dritten Förderlinie ihr Zukunftskonzept bewerten lassen. Die Entscheidung fällten – nach Empfehlungen von Gutachtern aus dem In- und Ausland – eine gemeinsame Kommission aus Deutscher Forschungsgemeinschaft und Wissenschaftsrat sowie die Ressortministerinnen und -minister des Bundes und der Länder.

Positiv bewertet wurden die Folgeanträge der Exzellenzcluster NeuroCure, Topoi und Unifying Concepts in Catalysis. Den Zuschlag bei der beantragten Fortsetzung der Graduiertenschulen erhielten die Berlin-Brandenburg School for Regenerative Therapies, die Berlin Graduate School Muslim Cultures and Societies, die Berlin Mathematical School, die Friedrich-Schlegel-Graduiertenschule für literaturwissenschaftliche Studien und die Graduiertenschule für Nordamerikastudien. Erfolgreich neu beantragt wurden die Graduiertenschule Berlin School of Integrative Oncology und die Graduiertenschule für Ostasienstudien. Keine Berücksichtigung fanden dagegen der Fortsetzungsantrag des Exzellenzclusters Languages of Emotion und der Neuantrag GenoRare zur Erforschung seltener Erkrankungen.