Anfang Januar 2005 wurde die Freie Universität für ihr Umweltmanagement nach der weltweit gültigen Norm ISO EN 14001 ausgezeichnet. Gemessen an der Zahl der Studenten ist die FU die größte mit dieser Norm zertifizierte deutsche Hochschule. Die TÜV Rheinland Group zertifizierte das Präsidialamt und Verwaltungsgebäude sowie 24 von den Tiermedizinern benutzte Institute, darunter die Düppler Tierkliniken. Nach Einbau einer neuen Wärmeversorgung konnten dort ein Fünftel des Wärmeeinsatzes, d.h. rund 70.000 Euro eingespart werden. In den vergangenen zwei Jahren gelang es durch sparsameren Stromverbrauch in den Kliniken und Institutsgebäuden die Kosten zusätzlich um je 60.000 Euro zu minimieren. An der FU trägt der Kanzler die Verantwortung für das Umweltmanagementsystem, ihm stehen der zentrale Koordinator für Energie- und Umweltmanagement, die Umweltverantwortlichen der Standorte und die Mitglieder des uniweiten Umweltteams zur Seite.