Job-Skripte
Skripte sollten in der Regel im Dateisystem /home
gespeichert werden. Da aber im Allgemeinen Programm im Dateisystem /scratch
laufen sollen, muss man im Skript einen entsprechenden Wechsel des Arbeitsverzeichnis vornehmen. Nur die Ergebnisse, die nach Beendigung des Jobs entstehen, sollten auf dem Dateisystem /home
erzeugt oder dorthin kopiert werden. Weitere Informationen zu den Dateisystemen stehen hier.
Zeilen, die mit #SBATCH
anfangen, enthalten die Steuerinformationen für das Queueing-System. Aus Sicht der Shell handelt es sich nur um Kommentare, die ignoriert werden. Sie können daher auch beliebige andere Shellsprachen (csh
, ksh
, Python
. Perl
, ...) verwenden, solange die Syntax #SBATCH
als Kommentar zulässig ist.
Falls Sie mehrere gleichartige Jobs starten wollen, benutzen Sie dafür ein Job-Array.
Bitte beachten Sie, dass nur <username>@zedat.fu-berlin.de
als E-Mail-Adresse akzeptiert wird. Andere Adressen werden automatisch durch diese ersetzt. Dies soll verhindern, dass eine durch den Cluster in kurzer Zeit erzeugte Vielzahl von E-Mails an einen externen Provider zu einer Sperre der FU durch diesen Provider führt.