Seit nun mehr fünf Jahrzehnten besteht das Institut für Judaistik an der Freien Universität Berlin. Der Beschluß zur Gründung des Instituts für Judaistik erfolgte im Zuge der Berufungsverhandlungen von Jacob Taubes (zuvor Columbia University, New York) im Jahre 1963. Damit ist das Berliner Institut die erste an einer deutschen Universität gegründete judaistische Lehr- und Forschungsstätte.

Erste Anfänge

Vor der Gründung des Instituts für Judaistik fanden bereits seit dem Sommersemester 1952 regelmäßig Vorlesungen zur jüdischen Geschichte und Literatur statt, für die zunächst Adolf F. Leschnitzer gewonnen werden konnte, der schon vor seiner erzwungenen Emigration in Berlin studiert und gewirkt hatte. Im Mittelpunkt standen dabei vor allem Themen zum deutsch-jüdischen Verhältnis und zum Antisemitismus. Seit Mitte der 50er Jahre lehrten Ernst L. Ehrlich, Hermann L. Goldschmidt, Johann Maier und Jacob Taubes an der Fakultät, wobei nunmehr Themen aus sehr unterschiedlichen Bereichen der "Wissenschaft vom Judentum" (so die offizielle Bezeichnung im Vorlesungsverzeichnis seit dem Wintersemester 1960/61) zum Lehrangebot gehörten.

Ausbau

Der 1987 verstorbene Philosoph und Hermeneutikwissenschaftler Jacob Taubes stand dem Institut bis zum Jahre 1979 vor, als er Direktor des Instituts für Hermeneutik wurde. Von 1979 bis zu ihrer Emeritierung 1983 leitete die Historikerin Marianne Awerbuch (1917-2004) das Institut. 1983 wurde Peter Schäfer (zuvor Professor für Judaistik am Martin-Buber Institut für Judaistik der Universität zu Köln) an das Institut berufen und führte eine umfassende Neuorganisation des Hauses und des Studienganges Judaistik durch. So konnte 1987 eine zweite Professur eingerichtet werden, die Michael Brocke (zuvor Professor für Judaistik an der Universität GH Duisburg) Ende 1988 antrat und bis zum Herbst 1996 innehatte.

Gastprofessuren

Im Sommersemester 1993 nahm Joseph Dan, Gershom Scholem Professor of Kabbalah an der Hebräischen Universität Jerusalem, seine Forschungs- und Lehrtätigkeit im Rahmen einer ständigen Gastprofessur am Berliner Institut auf. Professor Dan teilte bis zum Jahre 2002 seine Lehr- und Forschungstätigkeit zwischen Jerusalem und Berlin.

Zum Wintersemester 1996/97 folgte Michael Brocke einem Ruf an die Universität GH Duisburg. Zum Jahreswechsel 1997/98 nahm Peter Schäfer einen Ruf an die Princeton University an. Bis zum Jahre 2003 teilte er seine Lehrtätigkeit zwischen Berlin und Princeton.

Zum Wintersemester 1999/2000 hat Giulio Busi, geboren 1960 in Italien (Bologna),  den Ruf auf die zweite C 4-Professur für Judaistik im Fachbereich Geschichts- und Kulturwissenschaften angenommen. Zuvor war er als Professor für Hebräische Sprache und Literatur sowie Jüdische Geschichte an der Universität Venedig tätig.

Im Sommer 2002 wurde  Joseph Dan anläßlich seines 67sten Geburtstages und nach 10jähriger Lehrtätigkeit am Institut verabschiedet. Seine ständige Gastprofessur konnte aufgrund der gegenwärtigen Wirtschaftslage nicht mehr erneuert werden. 

Im Sommer 2003 ließ sich Peter Schäfer bis zu seiner im Jahre 2008 erfolgten Emeritierung beurlauben und unterrichtet seitdem ausschließlich in Princeton.

Im Oktober 2003 nahm Frau Tal Ilan, zuvor Lektorin an der Hebräischen Universität Jerusalem, den Ruf auf die C3-Professur für antikes Judentum an.