Das Archiv Außerparlamentarische Opposition und soziale Bewegungen, kurz APO-Archiv, wurde 2004 vom Universitätsarchiv mit rund 800 laufenden Regalmetern Umfang übernommen. Entstanden ist das APO-Archiv durch die langjährige Sammeltätigkeit von Siegward Lönnendonker, der als Student und später als Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Freien Universität durch die Studentenbewegung und die APO politisiert wurde. Früh erkannte er die Gefahr, dass die geschichtlich bedeutsamen Ereignisse dieser Zeit der Vergessenheit anheim fallen würden, wenn die politischen Gruppierungen nicht Sorge trugen, die eigenen schriftlichen Zeugnisse wie Akten, Flugschriften, Broschüren, Plakate und Periodika als Gegenüberlieferung zur staatlichen Überlieferung systematisch zu sammeln und zu sichern.

1963 begann Siegward Lönnendonker mit dem Sammeln von Dokumenten, die ihm eher zufällig in die Hände fielen. Doch bald schon wuchs das Bedürfnis, die Studentenbewegung zu dokumentieren, d. h. systematisch zu sammeln und gezielte Akquise zu betreiben. Von großem Vorteil war Lönnendonker, dass er als Sympathisant nicht nur bedeutsame Personen der Zeitgeschichte persönlich kannte, sondern zudem das Vertrauen der politisch linken Gruppierungen genoss. Erst das besondere Vertrauensverhältnis machte es möglich, dass private Sammlungen und Organisationsarchive dem APO-Archiv überlassen wurden: Die Aktivisten wollten gewiss sein, dass ihr Material polizeilich nicht gegen sie verwendet würde. Entsprechend diplomatisches Fingerspitzengefühl musste man bei der Entscheidung, wer zu welchem Zweck Zugang zu den Unterlagen erhalten durfte, entwickeln. Der zwischenzeitlich beachtlich gewachsenen Sammlung stellte das Institut für politische Wissenschaft der Freien Universität Berlin 1966 Räumlichkeiten zur Archivierung zur Verfügung. Das APO-Archiv erfreute sich zunehmender Nachfrage vonseiten der Wissenschaft, so dass Lönnendonker als Ein-Mann-Archiv verstärkt Bestände erfasste, Anfragen beantwortete sowie die Benutzerinnen und Benutzer betreute und beriet.

Als Siegward Lönnendonker 2004 aus dem Dienst schied, war die künftige Sicherung und Zugänglichkeit der Archivbestände zunächst unklar. Die Leitung des Universitätsarchivs machte sich zusammen mit Lönnendonker stark, die Bestände an der Freien Universität zu erhalten. Einige von FU-Bibliotheken vorgehaltene gängige Zeitschriften wurden dabei zur Bestandsergänzung an Bibliotheken und Archive weggegeben; die Raritäten unter den Zeitschriften aber wurden beim APO-Archiv belassen. Damit konnte die Überlieferung der einzigartigen Sammlung im Universitätsarchiv gesichert werden. Die bestehenden Verträge über private Sammlungen, die mit den jeweiligen Vorlass- bzw. Nachlassgebern ausgehandelt worden waren, blieben von der Übernahme unberührt, da die Sammlungen in FU-Zuständigkeit verbleiben. Die Bestände werden mit Blick auf das Sammlungsprofil ständig durch aktive Akquise erweitert. Die dauerhafte Erhaltung der Dokumente, deren archivische Erschließung, die Bearbeitung von Anfragen sowie die Benutzung der Bestände ist durch das Universitätsarchiv sichergestellt. Dabei stellt Lönnendonker dankenswerterweise sein fundiertes Wissen um die Sammlung dem Archiv und den Benutzern ehrenamtlich noch immer gern zur Verfügung.