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 Lehrveranstaltung

Bioinformatik

Bachelor Bioinformatik (StO/PO 2012)

0260c_k150

  • Algorithmische Bioinformatik

    0260cA1.5
    • 19401201 Vorlesung
      Algorithmische Bioinformatik (Katharina Jahn, Knut Reinert, Martin Vingron)
      Zeit: Di 14:00-16:00, Do 14:00-16:00 (Erster Termin: 15.10.2024)
      Ort: T9/SR 005 Übungsraum (Takustr. 9)

      Kommentar

      Inhalt:

      • Fortgeschrittene Algorithmen für paarweises und multiples Alignment
      • Praktische Datenbanksuchalgorithmen und Filterverfahren
      • Statistische Signifikanz von Sequenzähnlichkeit und Ergebnissen von Datenbanksuchen
      • Statistische Signalanalyse mittels (hidden) Markov Models, Anwendungen in Mustersuche und Genvorhersage
      • Algorithmen zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume
      • Algorithmen zur Kartierung und Sequenzierung von Genomen
      • Algorithmen zur RNA-Strukturvorhersage und RNA-Vergleich
      • Modelle und Algorithmen zur Proteinstruktur-Analyse
      • Auswertung von Daten aus aktuellen Technologien der funktionellen Genomik 
    • 19401202 Übung
      Übung zu Algorithmische Bioinformatik (Katharina Jahn)
      Zeit: Di 12:00-14:00, Mi 10:00-12:00, Do 10:00-12:00 (Erster Termin: 15.10.2024)
      Ort: A3/SR 119 (Arnimallee 3-5)
    • 19401230 Praktikum
      Praktikum zu Algorithmische Bioinformatik (Katharina Jahn, Svenja Mehringer)
      Zeit: Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 03.03.2025)
      Ort: A6/017 Frontalunterrichtsraum (Bioinf) (Arnimallee 6)

  • Computerorientierte Mathematik I

    0260cA2.3
    • 19200501 Vorlesung
      Computerorientierte Mathematik I (5 LP) (Ralf Kornhuber, Claudia Schillings)
      Zeit: Fr 12:00-14:00 (Erster Termin: 18.10.2024)
      Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Kommentar

      Inhalt:
      Computer spielen heute in (fast) allen Lebenslagen eine wichtige Rolle. Die Computerorientierte Mathematik vermittelt grundlegende Kenntnisse im Umgang mit Rechnern zur Lösung mathematischer Probleme und eine Einführung in das algorithmische Denken. Gleichzeitig wird aber auch typische mathematische Software wie Matlab und Mathematica eingeführt. Die nötige Motivation für die betrachteten Fragestellungen liefern einfache Anwendungsbeispiele aus den angesprochenen Fächern. Der Inhalt es ersten Teils umfasst fundamentale Begriffe des numerischen Rechnens: Zahlendarstellung und Rundungsfehler, Kondition, Effizienz und Stabilität.

      Homepage: Alle aktuellen Informationen zu Vorlesung und Übungen

      Literaturhinweise

      Literatur: R. Kornhuber, C. Schuette, A. Fest: Mit Zahlen Rechnen (Skript zur Vorlesung)
    • 19200502 Übung
      Übung zu Computerorientierte Mathematik I (André-Alexander Zepernick)
      Zeit: Mo 08:00-16:00 (Erster Termin: 14.10.2024)
      Ort: A3/SR 119 (Arnimallee 3-5)

  • Allgemeine Biologie

    0260cA3.2
    • 23770a Vorlesung
      V Allgemeine Biologie für Bioinformatik - Teil Botanik (Margarete Baier)
      Zeit: semesterbegleitend: siehe Terminserie (Erster Termin: 15.10.2024)
      Ort: Elisabeth-Schiemann-Hörsaal (R 014) (Königin-Luise-Str. 12 / 16)

      Hinweise für Studierende

      Sie können sich für das Modul über CM anmelden - Teil Botanik. Der zugehörige Teil Zoologie wird für Sie in CM nachgetragen.

      Kommentar

      I. Einführung
      II. Was ist eine Pflanze?
      III. Besondere Organelle und Strukturen der Pflanzenzelle
      IV. Das Pflanzenreich
      V. Gewebe, Organe und Baupläne der Höheren Pflanzen
      VI. Regulation von Pflanzenfunktionen durch innere Signale
      VII. Umweltabhängigkeit von Pflanzen
      VIII. Zusammenfassung und Vorstellen der Klausurmodalitäten
    • 23770b Vorlesung
      V Allgemeine Biologie für Bioinformatik - Teil Zoologie (Peter Robin Hiesinger, Ursula Koch, Dirk Johannes Mikolajewski, Mathias Wernet)
      Zeit: Semesterbegleitend; siehe Terminserie (Erster Termin: 28.11.2024)
      Ort: Hs Zoologie (R 110) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      Sie können sich für das Modul über CM anmelden - Teil Botanik. Der zugehörige Teil Zoologie wird für Sie in CM nachgetragen.

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 13, 14, 15

      Kommentar

      28.11.24: Einführung Evolution (Armitage/Mikolajewski)
      03.12.24: Cnidaria/Polifera (Armitage/Mikolajewski)
      05.12.24: Bilateria/Lophotrochozoa (Armitage/Mikolajewski)
      10.12.24: Mollusca/Nematoda (Armitage/Mikolajewski)
      12.12.24: Arthropoda/Insekten (Armitage/Mikolajewski)
      17.12.24: Echinodermata/Chordata (Armitage/Mikolajewski)
      18.12.24: Wirbeltiere (Ursula Koch)
      07.01.25: Exkretion/Bewegung (Ursula Koch)
      09.01.25: Herz/Kreislauf/Atmung (Ursula Koch)
      14.01.25: TBA (Ursula Koch)
      16.01.25: Nervenzelle/Glia (Mathias Wernet)
      21.01.25: Ruhe- & Aktionspotential/Ionenkanäle (Peter R. Hiesinger)
      23.01.25: Synaptische Übertragung/Plastizität/Lernen (Peter R. Hiesinger)
      28.01.25: Rezeption/Sinneszellen/Psychophysik I (Mathias Wernet)
      30.01.25: Rezeption/Sinneszellen/Psychophysik II (Mathias Wernet)
      04.02.25: Motorik (Mathias Wernet)

      Literaturhinweise

      Sadava, Hillis, Heller, Berenbaum: Purves Biologie

  • Molekularbiologie und Biochemie I

    0260cA3.3
    • 21601a Vorlesung
      Biochemie I - Grundlagen der Biochemie (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Zeit: Mi 12:00 - 14:00 Uhr; Vorbesprechung Di, 15.10.24, 12:00 - 14:00 Uhr (Erster Termin: 15.10.2024)
      Ort: Hs Kristallographie (Takustr. 6)

      Hinweise für Studierende

      Entspricht Molekularbiologie und Biochemie I für Bioinformatiker.

      Kommentar

      Qualifikationsziele:
      Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen.

      Inhalte:
      Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation.

      Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de
      Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de
      Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

    • 21601b Übung
      Übungen zur Biochemie I - Grundlagen der Biochemie (Helge Ewers, Florian Heyd, Markus Wahl)
      Zeit: (s. Lektionen, LV-Details) (Erster Termin: 22.10.2024)
      Ort: Ort nach Ansage je nach Übungsgruppe

      Hinweise für Studierende

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Die Übungen finden n.V. in kleineren Gruppen i.d.R. dienstags von 12:00 - 14:00 Uhr bzw. mittwochs von 10:00 - 12:00 Uhr Uhr statt. Die Verteilung findet im Rahmen der Vorbesprechung (s. 21601a) statt.

      Kommentar

      Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten kennen die Entstehung und molekulare Struktur der wichtigsten zellulären Makromoleküle und Stoffklassen sowie ihren biologischen Kontext. Der Schwerpunkt liegt auf einem chemischen Grundverständnis des molekularen Aufbaus von Biomolekülen. Inhalte: Chemische und zellbiologische Grundlagen, Struktur von DNA und RNA, Replikation und Transkription, Proteinbiosynthese, Regulation der Genexpression, gentechnologische Methoden, Aminosäuren und Peptide, Proteinstruktur und Proteinfaltung, Proteom, posttranslationale Modifikationen, Methoden der Proteinforschung, Enzyme, Kohlenhydrate, Lipide und Biomembranen, Einführung in den Stoffwechsel und die Stoffwechselregulation. Prof. Dr. H. Ewers: helge.ewers@fu-berlin.de Prof. Dr. F. Heyd: florian.heyd@fu-berlin.de Prof. Dr. M. Wahl: mwahl@zedat.fu-berlin.de

  • Molekularbiologie und Biochemie II

    0260cA3.4
    • 21698a Vorlesung
      Molekularbiologie und Biochemie II (Sigmar Stricker, Holger Sieg)
      Zeit: Do 10:00-12:00 Uhr (Erster Termin: 17.10.2024)
      Ort: Hörsaal/Thielallee 67, (Ausnahme 14.11.24 Vant-Hoff-Str. 6 Raum 102a)

      Hinweise für Studierende

      Qualifikationsziele: Die Studentinnen und Studenten haben ein Grundlagenverständnis in folgenden Bereichen: Zusammenwirken anatomischer, zellbiologischer und biochemische Prinzipien der Genexpression und des Energiestoffwechsels in Säugetieren, Regulation der Genexpression auf den Ebenen von Chromatinstruktur, Transkription, Prozessierung und Modifizierung in Säugetieren, Zell-Morphologie, -Mobilität und -Adhäsion in Organstrukturen von Säugetieren. Inhalte: Strukturprinzipien in Nuckleinsäuren und Proteinen, Chaperone und Ausbildung biologisch korrekter Protein Strukturen, Prinzipien der Struktur-Vorhersage, Genom-Komponenten und quantitative Zusammensetzung, Remodellierung von Chromatin zu transkribierbaren und nicht-transkribierbaren Konformationen, epigenetischer Histon-Code, CG-Inseln und DNA-Methylierung, modularer Aufbau der Promotoren, Protein: DNA-Wechelwirkungen und deren Strukturdomänen bei der qualitativen und quantitativen Steuerung der Transkription, snRNP und RNA-Prozessierung, Selbstspleißende Introns, RNA-Editierung, Kern-Cytoplasma, Cyotoplasma-Kern Transport, anatomische, zellbiologische und biochemische Prinzipien zur Gewinnung chemischer Reaktionsernergie, Protein-Abbau und Autophagie, Cytoskelett, Zell-Motilität und Zelladhäsion.

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

      Kommentar

      Vorlesung für Studierende der Bioinformatik

    • 21698b Übung
      Übungen zu Molekularbiologie und Biochemie II (Holger Sieg, Sigmar Stricker)
      Zeit: Mi 13:00-15:00 Uhr (Erster Termin: 23.10.2024)
      Ort: Hörsaal/Thielallee 67 (Thielallee 67)

      Hinweise für Studierende

      Weitere Informationen unter:
      http://www.fu-berlin.de/sites/fimbb/lehre/

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 14, 15

      Kommentar

      Übungen zu 21698a für Studierende der Bioinformatik

  • Genetik und Genomforschung

    0260cA3.6
    • 23771a Vorlesung
      V Genetik und Genomforschung (V) (Katja Nowick)
      Zeit: semesterbegleitend; siehe Terminserie (Erster Termin: 16.10.2024)
      Ort: Hs Zoologie (R 110) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      Verbindliche Vorbesprechung am 1. Vorlesungstag (Mi, 16.10.2024; 13:00 Uhr)

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 5, 15

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Bitte melden Sie sich in CM nur für die Vorlesung an. Die Übung wird im Laufe des Semesters für Sie nachgetragen.

      Kommentar

      Ein Überblick über den Aufbau der Lehrveranstaltung (d.h. Vorlesung und Übung) wird im Rahmen der ersten Vorlesung gegeben.

      Themen:
      Genregulation: Dogma der Molekularbiologie, Transkription, Translation, Transkriptionsfaktoren und deren Bindungsmotive
      Nicht-kodierende RNAs: Strukturen, Funktionen
      Genregulatorische Netzwerke: Komplexität der Genregulation, Analysemethoden
      Populationsgenetik: Vererbungsmuster und Erbkrankheiten, Mutation, Selektion, Hardy-Weinberg-Gleichgewicht, Neutrale Theory, Molekulare Uhr, Linkage Disequilibrium, Tests fuer positive Selektion in Populationen
      Phylogenetik: Bäume (rooted/unrooted), Neighbor joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Tests für positive Selektion, Genomprojekte
      Genomtypen einer Zelle (nukleäres, mitochondriales und chloroplastisches Genom), Aufbau und Struktur des nukleären Genoms, Aufbau und Struktur von Chromosomen
      Funktion chromosomaler Strukturelemente (Replikationsursprung, Zentromer, Telomer), Steuerung des Zellzyklus, Modifikation von Histonen
      Karyogramm, Chromosomenanomalien
      Genfamilien und Prinzip der Homologie bei Genen, Next-Generation Sequencing
      Mono-allelische Expression
      Geschlechtsdetermination

    • 23771b Übung
      Ü Genetik und Genomforschung (Ü) (Jeong-Eun Lee)
      Zeit: 05.02.25, 13.00 - 19:00; 12.02.25, 13.00 - 19:00; 19.02.25, 13:00 - 19:00 (Erster Termin: 05.02.2025)
      Ort: Ehrenberg-Saal (R 126-132) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      Wird am Ende des Semesters an 3 Terminen im Block durchgeführt.

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 5, 15

      Zusätzl. Angaben / Voraussetzungen

      Bitte melden Sie sich in CM nur für die Vorlesung an. Die Übung wird im Laufe des Semesters für Sie nachgetragen.

      Kommentar

      Details werden im Rahmen der Vorbesprechung am 1. Vorlesungstag (Mi. 16.10.2024, 13:00 Uhr) bekannt gegeben.

    • 23771ak Klausur
      Klausur Genetik und Genomforschung (Katja Nowick)
      Zeit: 1. Termin: 26.02.25; 14:00 Uhr 2. Termin: 26.03.25; 14:00 Uhr (Erster Termin: 26.02.2025)
      Ort: E-Exam im E-Examination Center 1 (Fabeckstraße 34-36 14195 Berlin)

  • Neurobiologie

    0260cA3.8
    • 23772a Vorlesung
      V Einführung in die Neurobiologie und Neuroinformatik für Studierende der Bioinformatik (Joachim Fuchs)
      Zeit: semesterbegleitend; siehe Terminserie (Erster Termin: 17.10.2024)
      Ort: Gottlieb-Haberlandt-Hörsaal (R 005) (Königin-Luise-Str. 12 / 16)

      Hinweise für Studierende

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15
    • 23772b Praktikum
      P Neurobiologie für Studierende der Bioinformatik Kurs A (Edouard Joseph Babo, Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Gerit Linneweber, Dagmar Malun, Mathias Wernet)
      Zeit: 3. Block: 06.01. - 03.02.25; Mo; 08:00 - 12:00 (Erster Termin: 06.01.2025)
      Ort: Kursraum D/E (R 2/3) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      1 mal wöchentlich (Mo), insgesamt 5 Termine

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15
    • 23772c Praktikum
      P Neurobiologie für Studierende der Bioinformatik Kurs B (Edouard Joseph Babo, Joachim Fuchs, Peter Robin Hiesinger, Gerit Linneweber, Dagmar Malun, Mathias Wernet)
      Zeit: 3. Block: 06.01. - 03.02.25; Mo; 14:00 - 18:00 (Erster Termin: 06.01.2025)
      Ort: Kursraum D/E (R 2/3) (Königin-Luise-Str. 1 / 3)

      Hinweise für Studierende

      1 mal wöchentlich (Mo), insgesamt 5 Termine

      UN Sustainable Development Goals (SDGs): 3, 4, 5, 15

  • Allgemeine Chemie

    0260cA3.9

  • Grundlagen der Theoretischen Informatik

    0260cA4.2
    • 19301201 Vorlesung
      Grundlagen der theoretischen Informatik (Katharina Klost, Wolfgang Mulzer)
      Zeit: Mo 10:00-12:00, zusätzliche Termine siehe LV-Details (Erster Termin: 14.10.2024)
      Ort: T9/Gr. Hörsaal (Takustr. 9)

      Kommentar

      Inhalt:

      • Theoretische Rechnermodelle
        • Automaten
        • formale Sprachen
        • Grammatiken und die Chomsky-Hierarchie
        • Turing-Maschinen
        • Berechenbarkeit
      • Einführung in die Komplexität von Problemen

      Literaturhinweise

      • Uwe Schöning, Theoretische Informatik kurzgefasst, 5. Auflage, Spektrum Akademischer Verlag, 2008
      • John E. Hopcroft, Rajeev Motwani, Jeffrey D. Ullman, Einführung in die Automatentheorie, Formale Sprachen und Komplexität, Pearson Studium, 3. Auflage, 2011
      • Ingo Wegener: Theoretische Informatik - Eine algorithmenorientierte Einführung, 2. Auflage, Teubner, 1999
      • Michael Sipser, Introduction to the Theory of Computation, 2nd ed., Thomson Course Technology, 2006
      • Wegener, Kompendium theoretische Informatik - Eine Ideensammlung, Teubner 1996
    • 19301202 Übung
      Übung zu Grundlagen der theoretischen Informatik (Katharina Klost)
      Zeit: Di 08:00-10:00, Di 10:00-12:00, Di 12:00-14:00, Di 16:00-18:00, Mi 10:00-12:00, Mi 12:00-14:00, Mi 14:00-16:00 (Erster Termin: 15.10.2024)
      Ort: A6/SR 025/026 Seminarraum (Arnimallee 6)

  • Module ohne Lehrangebot in diesem Semester

    14 Module
    • Informatik A 0260cA1.1
    • Informatik B 0260cA1.2
    • Algorithmen und Datenstrukturen 0260cA1.3
    • Algorithmen und Datenstrukturen Praktikum 0260cA1.4
    • Algorithmen und Datenstrukturen Praktikum 0260cA1.6
    • Mathematik für Bioinformatiker I 0260cA2.1
    • Mathematik für Bioinformatiker II 0260cA2.2
    • Computerorientierte Mathematik II 0260cA2.4
    • Statistik für Biowissenschaften I 0260cA2.5
    • Statistik für Biowissenschaften II 0260cA2.6
    • Allgemeine Chemie 0260cA3.1
    • Molekularbiologie und Biochemie III 0260cA3.5
    • Medizinische Physiologie 0260cA3.7
    • Datenbanksysteme 0260cA4.1