Ziegler war nach Gründung des Exzellenzverbunds 2018 dessen erster Sprecher. Ursprünglich war die Übergabe der Sprecherschaft für den Herbst geplant. Das Leitungsgremium der BUA, das Board of Directors, beschloss die vorzeitige Übergabe der Sprecherschaft an Prof. Dr. Günter M. Ziegler, um aus einer Hand Strategieweiterentwicklung sowie Antrags- und Begutachtungsprozess im Hinblick auf eine erfolgreiche Fortsetzung der Berlin University Alliance über 2026 hinaus zu gestalten.

Im Wettbewerb der Exzellenzstrategie von Bund und Ländern evaluieren im nächsten Jahr (2025) internationale Gutachter:innen den Exzellenzverbund. Auf dieser Basis entscheiden dann 2026 die für Wissenschaft zuständigen Minister:innen von Bund und Ländern, ob die Berlin University Alliance Exzellenzverbund ab 2027 weitergefördert werden wird. Schon zur ersten Runde der Exzellenzinitative, dem Vorgänger-Wettbewerb der Exzellenzstrategie, baute Ziegler 2006 federführend die Berlin Mathematical School (BMS) als gemeinsame Graduiertenschule der drei Berliner Universitäten auf und begleitete zudem auch später in seiner Rolle als Präsident der Freien Universität Berlin die Konzeption und Beutachtung weiterer Förderphasen.

Mit dem Sprecherwechsel im Exzellenzverbund geht parallel auch der Wechsel in der Sprecherschaft des Vorstands der Kooperationsplattform der Berlin University Alliance, Körperschaft des öffentlichen Rechts, einher.