Am Fachbereich Geschichts- und Kulturwissenschaften und am Lateinamerika-Institut (LAI) der Freien Universität hat Stephanie Schütze seit März 2015 die Professur für Sozial- und Kulturanthropologie Lateinamerikas unter besonderer Berücksichtigung der Migrations- und Genderforschung inne. Zuvor war sie an der brasilianischen Universidade Estadual des Campinas tätig.