Seit 1. April 2015 ist Anne Holzscheiter am Otto-Suhr-Institut der Freien Universität Juniorprofessorin für Politikwissenschaft und Internationale Beziehungen. Zuvor war sie Wissenschaftliche Mitarbeiterin an der dort angesiedelten Arbeitsstelle Transnationale Beziehungen, Außen- und Sicherheitspolitik (ATSP).