Nach Einführung eines Wassermanagements reduzierte die Freie Universität Berlin ihren Wasserverbrauch innerhalb von fünf Jahren (zwischen 2004 und 2009) um rund ein Drittel – auf ungefähr 200.000 Kubikmeter pro Jahr. Technische Optimierungen durch die Technische Abteilung, zum Beispiel die Umrüstung von Kühlsystemen oder der Einsatz von Wasserspararmaturen, trugen entscheidend zu diesen Einsparungen bei. Der Verbrauchwar bis 2014 annähernd stabil. Von 2014 bis 2018 ist der Wasserverbrauch um ca. 27% angestiegen, besonders im Campus Dahlem. Ursachen dafür können die Zunahme der Anzahl an Studenten und Mitarbeitern sein sowie ein Anstieg von Baustellenprojekten. Ab 2019 ist der Wasserverbrauch tendenziell um ca. 17% gesunken.

Die Freie Universität unterstützt und fördert Initiativen zum Wassersparen. Ein Beispiel ist das Projekt FUdsharing, welches mit Foodsharing erfolgreich zusammenarbeitet. Ein anderes Beispiel ist die vegetarische Mensa des Studentenwerks. Aufgrund dieser Projekte lässt sich nicht nur Milliarden von Litern Wasser und Tonnen von Rohstoffen einsparen, sondern auch CO₂-Emissionen reduzieren.

Weiterhin hat die Freie Universität Berlin an verschiedenen Standorten – beispielsweise auf dem Campus der Geowissenschaften in Lankwitz oder beim Neubau Kleine Fächer mit integrierter Campusbibliothek – spezielle Rigolen- und Zisternensysteme errichtet, sodass das Niederschlagswasser im Erdboden versickert beziehungsweise aufgefangen wird und für die Bewässerung der Grünanlagen auf dem Campus genutzt werden kann. Für Wassereinsatz und -entsorgung inklusive Niederschlagswasserabgabe beliefen sich 2020 die Kosten auf 1,2 Millionen Euro.

Abwasser oder auch Schmutzwasser der Freien Universität Berlin wird entsprechend der rechtlichen Vorgaben in die Kanalisation der Berliner Wasserbetriebe eingeleitet. Der höchste Anteil hierbei sind die Sanitärabwässer. Für verschiedene Kühlzwecke eingesetztes Trinkwasser wird ebenfalls der Kanalisation zugeleitet. Den geringsten Anteil des Schmutzwassers bilden wohl die Laborabwässer, an die besondere Anforderungen gestellt werden. Für diese ist sicher zu stellen, dass sie den Einleitvorschriften entsprechend. Hierfür sind eigene Kläranlagen oder Neutralisationsanlagen möglichst nah an den Erzeugern im Einsatz. Die Einleitung wird entsprechend Vorschriften regelmäßig durch Beprobungen überwacht. Wo erforderlich, werden zudem Leichtflüssigkeitsabscheider oder Fettabscheider zur Reinigung des Schmutzwassers vor schädlichen Inhaltsstoffen eingesetzt.