Das Institut für Physikalische Chemie wird im Frühjahr 1961 gegründet. Es ist zunächst im Otto-Hahn-Bau (seit Oktober 2010: Hahn-Meitner-Bau) in der Thielallee 63–67 (Foto) untergebracht. Seit 1978 residiert das Institut für Physikalische Chemie (heute: Forschungsbereich Physikalische & Theoretische Chemie) in der Takustraße 3.

Beginn des Mauerbaus. Mehr als 3500 "Grenzgänger"-Studentinnen und -Studenten aus Ost-Berlin und der DDR sind plötzlich von ihrer Ausbildungsstätte in Dahlem abgeschnitten. Detlef Girrmann, Dieter Thieme, Bodo Köhler und Burkhart Veigel, Studenten der Freien Universität, organisieren sofort Fluchthilfeaktionen, an denen sich bis 1963 mehrere hundert Kommilitonen beteiligen. Der DDR-Staatssicherheit gelingt es, das Netzwerk zu infiltrieren. Bis Ende 1963 werden mehr als 70 Studierende wegen Fluchthilfe festgenommen und verurteilt.

Das Institut für Anorganische Chemie zieht in die Fabeckstraße 34/36. Entworfen wurde das Haus – der erste Neubau der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät – von Hans Geber und Otto Risse. Die Architekten zeichnen auch für die Gebäude der Wirtschafts- und Sozialwissenschaftlichen Fakultät (1958) in der Garystraße 21 sowie der Rechtswissenschaftlichen Fakultät (1959) in der Van’t-Hoff-Straße 8 verantwortlich.

Weltpolitik in Dahlem: US-Präsident John F. Kennedy erhält die Ehrenbürgerwürde der Freien Universität Berlin und spricht am Henry-Ford-Bau vor rund 20.000 Menschen. Er sagt: "This school (...) must be interested in turning out citizens of the world, men who comprehend the difficult, sensitive tasks, that lie before us as free men and women, and men who are willing to commit their energies to the advancement of a free society." Fünf Monate nach seinem Besuch in Berlin wird Kennedy ermordet. Das gerade erst gegründete Amerika-Institut der Freien Universität benennt sich drei Tage später in John-F.-Kennedy-Institut für Nordamerikastudien um.

Proteste gegen das von der Universitätsleitung verhängte Redeverbot für Erich Kuby. Der Journalist hatte sich gegen den Namen "Freie Universität" gewandt: Die Bezeichnung sei nicht mit den wissenschaftlichen und pädagogischen Aufgaben einer Universität vereinbar, weil damit die Universität im Ostteil der Stadt implizit "unfrei" genannt werde. Weil Assistent Ekkehart Krippendorff im "Spandauer Volksblatt" die Universitätsentscheidung kritisiert, wird sein Arbeitsvertrag nicht verlängert. Im Herbst 1965 wird das Redeverbot gegen Kuby aufgehoben, Krippendorff kehrt an die Freie Universität zurück.

Aus Protest gegen die Exmatrikulation von Langzeitstudierenden an der Juristischen Fakultät findet am 22. Juni an der Freien Universität das erste Sit-in an einer deutschen Hochschule statt: 3000 junge Menschen besetzen den Henry-Ford-Bau, nach Beendigung des Streiks in der Nacht verliest der AStA-Vorsitzende Knut Nevermann eine Resolution. Das Bild zeigt Nevermann bei einer Demonstration im selben Monat.

Eröffnung des Neubaus für das Veterinärmedizinische Vorklinikum (Architekten: Wassili Luckhardt, Hans-Joachim Wandelt) in der Koserstraße 20. Seit 1998 ist dort das Friedrich-Meinecke-Institut für Geschichtswissenschaft (FMI) untergebracht, außerdem das Kunsthistorische Institut (KHI) und das Zentrum für Vergleichende Geschichte Europas (seit 2004: Berliner Kolleg für Vergleichende Geschichte Europas). Das Institut für Veterinär-Anatomie bleibt dort und damit in Dahlem als eines von wenigen Instituten des 1951 in Düppel gegründeten Fachbereichs Veterinärmedizin.

Benno Ohnesorg, Romanistik- und Germanistikstudent der Freien Universität, wird bei einer Demonstration gegen den Besuch des persischen Schahs vom Polizisten Karl-Heinz Kurras in den Kopf geschossen. 2009 wurde bekannt, dass Kurras geheimer Mitarbeiter der DDR-Staatssicherheit und SEDMitglied war. Das Bild zeigt die Studentin Friederike Dollinger neben dem Schwerverletzten, der später im Krankenwagen verstirbt – es ist der Titel der seit 1955 erscheinenden AStA-Zeitschrift "FU Spiegel".

Trauerfeier für Benno Ohnesorg im Audimax der Freien Universität. Am Pult steht der AStA-Vorsitzende Knut Nevermann. Später wird Nevermann Amtschef beim Staatsminister für Kultur und Medien in der Bundesregierung Schröder und war zuletzt bis zu seinem Ruhestand Staatssekretär in der Berliner Wissenschaftsverwaltung.

Bei der Gründungsversammlung der "Kritischen Universität" (KU) im Audimax der Freien Universität sind etwa 2000 Studierende von West-Berliner Hochschulen versammelt. Die KU hat den Anspruch, Alternativen zur bestehenden Gesellschaft zu finden. Es gründen sich rund 30 Arbeitsgruppen zu Themen wie "Sexualität und Herrschaft", "Psychosomatische Medizin", "Möglichkeiten und Probleme politischer Theologie" oder "Imperialismus und Entwicklungsprobleme".

Beginn des Austauschprogramms mit der Universität Leningrad (heute: St. Petersburg). Es ist der erste Partnerschaftsvertrag zwischen einer Universität der Bundesrepublik und West-Berlins und einer sowjetischen Universität. Die Urkundenunterzeichnung: Rektor Ewald Harndt (1. v. r.) und sein Amtsvorgänger, Hans-Joachim Lieber (2. v. r.). Seit 2012 verbindet die Freie Universität und die Universität St. Petersburg eine strategische Partnerschaft.

Attentat auf Rudi Dutschke. Der Soziologiestudent wird auf dem Kurfürstendamm von einem rechtsradikalen Jugendlichen angeschossen. Das Foto zeigt Dutschkes Fahrrad am Tatort. Am Abend kommt es zu Ausschreitungen vor dem Springer-Hochhaus in Kreuzberg. Die Außerparlamentarische Opposition macht vor allem die Berichterstattung der Springer-Zeitungen über Rudi Dutschke für das Attentat verantwortlich. Der Protest breitet sich bundesweit aus und führt in München bei Zusammenstößen mit der Polizei zu zwei Todesopfern.

Eröffnung des Klinikums Steglitz der Freien Universität (seit 1994: Universitätsklinikum Benjamin Franklin). Seit 2003: Campus Benjamin Franklin der Charité – Universitätsmedizin Berlin, des gemeinsamen medizinischen Fachbereichs von Freier Universität und Humboldt-Universität.

Das im Juli 1969 in Kraft getretene Berliner Universitätsgesetz führt zur Neustrukturierung der Freien Universität: Studentenschaft, Mittelbau und nichtwissenschaftliche Angestellte erhalten Mitbestimmungsrechte. Der Diplom-Physiker und Soziologe Rolf Kreibich wird zum Präsidenten gewählt; zum ersten Mal leitet damit ein wissenschaftlicher Assistent eine deutsche Universität. Kreibich amtiert bis 1976. 

Eröffnung des Lateinamerika-Instituts: Das interdisziplinäre Zentralinstitut für Forschung und Lehre in Altamerikanistik, Geschichte, Lateinamerikanistik, Politik, Soziologie und Wirtschaft zieht in das von Max Taut und Franz Hoffmann von 1929 bis 1930 für die Reichsknappschaft entworfene Gebäude in der Rüdesheimer Straße 54–56.