Angehörige der Freien Universität demonstrieren gegen die vom Senat verfügte Schließung des Fachbereichs Humanmedizin der Freien Universität und die Umwandlung des Universitätsklinikums Benjamin Franklin (UKBF) in ein städtisches Krankenhaus. Der Protest ist erfolgreich: 2003 fusionieren der Fachbereich Humanmedizin der Freien Universität Berlin und die Medizinische Fakultät der Humboldt-Universität zur Charité – Universitätsmedizin Berlin, dem gemeinsamen medizinischen Fachbereich von Freier Universität und Humboldt-Universität. Damit wird das UKBF, das gerade 50-jähriges Bestehen feierte, zum Campus Benjamin Franklin der Charité – Universitätsmedizin Berlin. 

Mars an Erde: Die von Wissenschaftlern der Freien Universität um den Planetenforscher Gerhard Neukum entwickelte Spezial-Kamera an Bord der europäischen Raumsonde „Mars Express“ sendet erste Bilder des roten Planeten. Das Bild zeigt den sogenannten Neukum-Krater, der kürzlich nach dem 2014 verstorbenen Planetenforscher benannt worden ist. 

Die Freie Universität eröffnet ein Verbindungsbüro in New York. Es ist ihr erstes Auslandsbüro. 2007 folgen Repräsentanzen in Peking und Neu-Delhi, 2009 in Brüssel, 2010 in Kairo, São Paulo und Moskau. Aufgabe der Verbindungsbüros ist es, Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der Freien Universität bei der internationalen Vernetzung zu unterstützen, das Profil der Freien Universität in den Zielregionen bekannt zu machen und die Rekrutierung von herausragenden Nachwuchskräften zu fördern.

Eröffnung der Philologischen Bibliothek. Mit dem von dem britischen Architekten Lord Norman Foster entworfenen Bau in der Rostlaube erhält die Freie Universität ein weiteres Wahrzeichen. Die wegen ihrer Form „The Berlin Brain“ genannte Bibliothek integrierte elf Teilbibliotheken mit 700.000 Büchern.

Die Freie Universität wird im Rahmen der Exzellenzinitiative des Bundes und der Länder ausgezeichnet und gehört damit zu den neun Exzellenz-Universitäten in Deutschland. Erfolgreich ist sie mit ihrem Konzept für Graduiertenschulen, Exzellenzcluster und das Zukunftskonzept „Internationale Netzwerkuniversität“. Ein Jahr zuvor – in der ersten Runde der Exzellenzinitiative – war bereits die „Berlin Mathematical School“ ausgezeichnet worden, eine gemeinsame Einrichtung von Freier Universität, Humboldt-Universität und Technischer Universität.